Гуго Винклер был одним из главных сторонников учения Панвавилонизма.
Панвавилонизм — возникшее в Германии в XIX веке учение в среде ведущих немецких ученых ассириологов-семитологов, придававший исключительное значение месопотамской культуре, выводивший все остальные культуры мира из Вавилонии и отрицавший способность других народов к самостоятельному развитию. Панвавилонизм был полулярен среди немецких исследователей рубежа XIX и XX веков. Возникновение панвавилонизма связано с библейской критикой и с протестантским богословием. Сторонники видели в Шумере, Аккаде, Вавилонии первоисточник цивилизаций большинства народов мира, в том числе народов не только Средиземноморья, но и Индии, Китая, Центральной и Южной Америки. Сторонниками панвавилонизма были выдающиеся ученые ориенталисты Петер Йенсен, Альфред Йеремиас, Гуго Винклер и Фридрих Делич. Приверженцы панвавилонизма опирались на ряд параллелей между ассиро-вавилонскими источниками (например, космогоническим мифом Энума элиш или картиной Всемирного потопа в эпосе о Гильгамеше) и Библией. Отдельно подчёркивались представления о связи месопотамских астральных мифов с происхождением религий Старого и Нового Света, а также идеи о повсеместной диффузии вавилонской системы мер и других элементов вавилонской культуры. Как отмечает Симо Парпола, неоспоримая заслуга панвавилонистов состоит в том, что они продемонстрировали определяющее влияние месопотамской мифологии на формирование книги Бытия Библии.